En circulant sur le net, j'ai trouvé une petite astuce pour lancer "correctement" Compiz-fusion au démarrage d'une session.
Auparavant, j'avais toujours des bugs sur le décorateur de fenêtres. Emerald se lançait de temps en temps sinon, Metacity prenait le dessus et il fallait que je relance Emerald.

Ma petite astuce s'appelle Fusion-icon. C'est un outil qui est présent dans le systray, un peu à la manière du "diamant" de Beryl. En effet, il permet de choisir différentes options, de lancer le centre de configuration de compiz (ccm) et le gestionnaire de thèmes Emerald.
Le petit plus de Fusion-icon est de pouvoir le lancer au démarrage de la session, il va s'occuper de lancer Compiz-fusion et Emerald (si vous avez choisi Emerald à la place de Metacity).

Malheureusement, ce n'est pas si facile. Le paquet fusion-icon n'est pas présent dans les dépôts Ubuntu, il faut faire quelques manipulations pour le récupérer et le compiler.
Je vous rassure, rien de violent !

Premièrement, il faut installer le paquet "git-core", qui va servir à aller chercher sur le net les sources de fusion-icon, et ensuite il faut compiler le tout.
Suivez les quelques lignes de codes et c'est bon !

1. sudo apt-get install git-core
2. sudo apt-get update
3. git clone git://anongit.opencompositing.org/users/crdlb/fusion-icon
4. cd fusion-icon
5. sudo make install

Voilà !
Pour le lancer, vous pouvez le trouver dans "Applications => Outils système" ou bien lancer dans un terminal la commande "fusion-icon".
Ensuite si vous voulez que le tout se lance au démarrage, direction "Système => Préférence => Sessions", vous créez un nouveau programme au démarrage avec le nom que vous souhaitez et la commande "fusion-icon"

Bon courage amis linuxiens !

Tcho, Hamtaro.